När nazisterna ockuperade Polen blev Zofia aktiv i motståndsrörelsen. År 1943 blev hon arresterad av Gestapo. Zofia blev förhörd, torterad och flyttades runt bland flera olika läger.

Under krigets slutskede befann sig Zofia i lägret Beendorf. När de allierade styrkorna närmade sig tvingades alla fångar in i ett tåg med boskapsvagnar. Under de tio dagar som tåget drev omkring fick fångarna knappt någon mat eller vatten. Tåget kom att kallas Dödens tåg.

Röda Korset fick kännedom om tåget och fick tillstånd att ta hand om de överlevande. De fördes via Danmark till befrielsen i Malmö. Hoppet om en framtid återvände för Zofia.

Tillsammans med andra polska flyktingar fördes hon till ett flyktingläger i Glimminge på Österlen. När Zofia blivit frisk flyttade hon till Stockholm och utbildade sig till sjukgymnast.

1947 gifte hon sig med Maximilian Wilczek, som flytt till Sverige med hjälp av norska motståndsmän. De träffades på ett scoutläger där också Folke Bernadotte deltog.